Tillkännagivandet gjordes på tisdagskvällen svensk tid på Skypes officiella blogg. Nedläggningen av Messenger sker redan under första kvartalet 2013, och då måste de som vill skicka snabbmeddelanden i Microsofts regi använda Skype istället. Eller Microsoft Lync som är anpassat för företagsanvändare.

Messenger läggs ner i alla länder utom Kina, där tjänsten kommer att fortsätta att fungera.

Integrationen mellan Skype och Messenger inleddes med den senaste versionen av Skype-klienten, som släpptes för några veckor sedan. I denna går det att logga in med ett Messenger-konto och även chatta med sina vanliga Messenger-kontakter.

"Vi kommer att jobba med er under de närmaste månaderna för att hjälpa till i övergången, och erbjuda information och hjälp under vägen", skriver Skype-chefen Tony Bates.

Microsoft lanserade den första versionen av Messenger redan 1999, då under namnet MSN Messenger. I december 2006 bytte programmet namn till Windows Live Messenger. Messenger har omkring 300 miljoner användare.