Det finns två vanliga sätt att identifiera ett virus. Antingen görs det genom att identifiera virusets arvsmassa eller genom att identifiera dess ytproteiner, berättar Vironovas vd Mohammed Homman. Problemet med båda metoderna är att både arvsmassan och ytproteinerna hos ett virus kan förändras.

Stockholmsföretaget Vironova har tagit det ett steg längre och analyserar viruspartikelns struktur med hjälp av ett mönsterigenkänningsprogram. I ett första läge kategoriserar programmet viruspartiklarna efter deras storlek.

– Om du har två virus som är nästan exakt lika stora måste vi gå in på mer avancerade strukturella detaljer och se om de till exempel är ”ludna”, säger Mohammed Homman.

Själva klassificeringen bygger på ett antal olika parametrar, som storlek, ytmått och densitetsskillnader i viruset. Allting utgår från ett foto av en i mikroskop uppförstorad bild av viruset. Provet ska helst komma från någon form av kroppsvätska, enligt Mohammed Homman.

– Det är en ganska enkel sak när man ser det här på datorn, men ganska komplicerat i verkligheten. Det är många personer som har gått igenom en stor mängd bilder och markerat upp vad som är virus och inte. Vi tränar helt enkelt datorn med facit och på så sätt kan datorn själv lära sig att känna olika virus, säger Mohammed Homman.

För cirka ett år sedan blev första versionen av deras program Item redo för användning. Möjliga användningsområden finns på sjukhus och inom militär verksamhet. Smittskyddsinstitutet använder det redan i dag.

I början av 2008 blev Vironova projektledare för ett av elva forskningsprojekt inom EU som startades för att ta fram läkemedel mot virus. I Vironovas grupp ingår utöver företag bland annat forskare från Bulgarien, Nederländerna och Tyskland. Gruppen har fått dela på 1,5 miljoner euro och har två år på sig att komma fram till ett resultat.

Vironovas uppgift i projektet är att i ett första läge identifiera virus, med hjälp av mjukvara. I ett andra steg arbetar man med att ta fram läkemedel baserat på virusets struktur.

Om man lyckas ta fram en läkemedelskandidat kommer det sedan att ta ytterligare flera år av testning innan ett läkemedel kan vara ute på marknaden.

– Som tidigast kan det vara ett piller i en butik om sju åtta år, säger Mohammed Homman.

Metoden att identifiera virus med hjälp av storlek och ytstruktur är inte ny. Tidigare gjordes det manuellt och det var just när Mohammed Homman satt och räknade viruspartiklar manuellt i ett mikroskop som han började fundera på om det inte fanns ett sätt att förenkla processen. I samarbete med matematiker och bildanalytiker tog de fram en algoritm för att kategorisera partiklarna i datorn.

– Det var ren lathet. Det tar tid att sitta och räkna viruspartiklar. Det är mycket enklare om det går att automatisera i en dator, säger han.

Fakta

Svininfluensan är en variant av influensavirus typ A och kallas bland annat H1N1. Svininfluensan har en genetisk sammansättning som inte är känd sedan tidigare. Det innebär att ingen människa har haft influensan tidigare och är därför inte immun.

Källa: Smittskyddsinstitutet