– Det har pågått en datateknisk revolution inom genteknik de senaste tio åren, säger Jacob Bergstedt, doktorand i reglerteknik vid Lunds universitet.

– Det finns en väldig uppsjö med data, och för att behandla den måste man använda mer sofistikerade metoder och bättre mjukvara än tidigare. Det innebär att biologiforskningen har blivit mer tvärvetenskaplig och i dag också inkluderar programmerare och matematiker.

Han själv, som är matematiker, är ett exempel just på det. Just nu arbetar han med ett stort forskningsprojekt kring vårt immunförsvar tillsammans med Pasteurinstitutet i Paris. De medicinska forskarna finns där men han håller i analys och modellering.

I stället för att bara använda den traditionella metoden där man gör försök på möss som man utsätter för olika saker och sedan studerar så blir det nu allt vanligare med mer databaserade projekt där man analyserar stora mängder data från mänskliga populationer. Och att gå från att titta på en variabel i taget till att titta på data från en massa människor ställer helt andra krav på stringensen i dataanalysen, konstaterar Jacob Bergstedt.

– Många ser det som att det vi skapar nu är ett helt nytt fält inom just immunitetsforskningen, systemimmunologi.

Där är Jacob Bergstedt och hans kolleger bland de första. Och för att underlätta för andra att kontrollera och upprepa deras forskning har de sett till att göra dataanalysen transparent.

– När man arbetar med den här typen av dataanalys är det ett problem att den är svår att återupprepa för andra forskare, säger Jacob Bergstedt.

Läs också: Googles AI kan berätta om du har hjärtproblem genom att kolla dig i ögonen

Det handlar om det som ibland kallas replikeringsproblemet som uppmärksammats allt mer under senare tid. Just att kunna återupprepa ett experiment och komma till samma resultat flera gånger är ett viktigt sätt att verifiera forskningsresultat.

– Det kommer sig bland annat av att dataanalysen som använts är sofistikerad, men inte alls transparent. Därför har vi sett till att vår dataanalys är tillgänglig. Vem som helst kan se koden och köra den med hjälp av den mjukvara vi använt.

Jacob Bergstedt tycker att transparensen i hur dataanalyser görs generellt är alldeles för liten i forskningsvärlden, och hoppas att det sätt som hans forskargrupp arbetat på ska vara ett gott exempel – och kanske rentav bli praxis i det nya forskningsfältet systemimmunologi.

Har ni fått uppmärksamhet från andra inom forskarvärlden för ert sätt att vara transparenta? 

– Nej, alldeles för lite tycker jag. Vi är ju stolta över det, och är så vitt jag vet bland de första som arbetat på det här sättet.

I en första studie som Jacob Bergstedt och hans kolleger i Frankrike gjort har de redan fått fram ett första utkast till svar på flera viktiga frågor kring hur vårt immunförsvar fungerar och varför det ser olika ut för olika individer. Bland annat har man sett att rökning påverkar infektionsrisken betydligt mer än vad vi förstått tidigare. Forskarna har också tittat på hur mäns och kvinnors immunsystem skiljer sig åt och sett att kvinnor har mer av en viss typ av cell vilket kan förklara att kvinnor löper större risk att drabbas av autoimmuna sjukdomar som reumatism.

Dessutom visar studien tydligt att immunförsvaret förändras med åldern – delar av immunsystemet som man inte vetat så mycket om visar sig exempelvis minska när man blir äldre, vilket kan förklara att man blir mer mottaglig för infektioner i takt med stigande ålder.

Den här typen av allt mer förfinade analyser gör att vi får allt mer kunskap om olika individuella förutsättningar, och det öppnar för en vård som är betydligt mer skräddarsydd för var och en.

Läs också: Nu ska AI granska röntgenbilder på svenskt sjukhus

Jacob Bergstedt tar som exempel en patient med cancer – i dag testar man först den medicin som brukar fungera bäst i genomsnitt, även om den bara kanske hjälper för runt 60 procent. Om den inte fungerar tar man nästa som passar för lite färre, och så håller man på så tills man hittat den medicin som fungerar bäst för den enskilda individen.

– Under tiden har patienten fått en massa bieffekter och behandlingen har försenats.

Med det som kallas precisionsmedicin tittar man på hur just dina värden och gener ser ut och vet vilken behandling som kommer att fungera bäst.

När tror du att vi har den här typen av vård? 

– Jag tror att det sker redan nu inom vissa områden, och att det kommer att ske stegvis framöver. Metoderna finns – det gäller snarare att anpassa själva sjukvårdssystemet till det, säger Jacob Bergstedt.